Sepanjang riwayat beliau, Dr. Sun Yat-sen dikenali dengan pelbagai nama. Nama "sebenar" Sun menurut catatan rekod salasilah keluarga beliau ialah Sūn Démíng (孫德明), iaitu "nama daftar" (譜名 pǔ míng) yang digunakan apabila terlibat dalam keraian formal, termasuk upacara perkahwinan beliau. Bagaimanapun, "Deming" bukanlah nama yang diberi kepada beliau ketika lahir. Sebaliknya, nama Sūn Dìxiàng (孫帝象) diberi kepada Sun (乳名 rǔ míng) sebagai "nama susu" yang diberi kepada bayi yang baru lahir pada zaman tersebut. Dixiang secara harfiahnya bermaksud "gajah Tuhan". Ketika memasuki sekolah pada usia 10 tahun, beliau meraih "nama sekolah" (學名 xué míng) yang berbunyi Wén (文).

Setelah mencecah usia 17 tahun, Sun memeluk agama Kristian lalu membentuk satu nama samaran (號) untuk diri beliau iaitu Rìxīn (日新). Inilah nama yang dipakai beliau sewaktu menuntut ilmu di Hong Kong. Kemudian, profesor kesusasteraan Cina beliau menukar nama itu menjadi Yìxiān (逸仙). Tidak seperti bahasa Mandarin, kedua-dua nama samaran sama sebutannya dalam bahasa Kantonis yang ditutur di Guangdong dan Hong Kong, iaitu Yat-sen. Kemudian, Sun Yat-sen memilih satu nama kehormat (字) iaitu Zàizhī (載之, "membawa").

Pada tahun 1897, Sun tiba di Jepun, di mana beliau terpaksa mendaftar nama di hotel. Bersama-sama seorang kawan beliau di sana, Sun memperoleh nama Jepun Nakayama Shō (中山樵) agar dapat menyembunyikan diri daripada diketahui pihak berkuasa Jepun. Tulisan kanji bagi "nama keluarga" Jepun beliau disebut dalam bahasa Mandarin sebagai Zhōngshān. Maka sekembali beliau di China pada tahun 1911, beliau mula dikenali ramai sebagai Sūn Zhōngshān (孫中山) oleh penyokong republik, dan lama-kelamaan seluruh orang Cina, kerana "Zhongshan" bermaksud "gunung tengah" atau "gunung China".